Espèces éteintes ou menacées en France

1   Poissons menacés ou éteints

   1.1   Espèces éteintes

La France compte malheureusement 4 espèces de poissons ayant disparues sur son territoire. Deux d'entre elles ont totalement disparu, la féra du Léman et la petite Féra, tandis que les deux autres sont encore présentes dans d'autres pays, l'Aphanius d'Espagne et le Cyprinodonte de Valence.

La féra du Léman et la petite Féra

Les destins de la féra du Léman (Coregonus fera) et la petite Féra (Coregonus hiemalis) sont étroitement liés. Ces deux espèce de salmonidés, endémiques du lac Léman, ont disparu au début du XXème siècle. Les raisons de leur disparition sont multiples, mais la surpêche en est la principale. Les autres raisons sont l'eutrophisation du lac, la dégradation de la qualité de l'eau et l'introduction d'autres espèces pour la pêche.

Le terme de Féra est encore utilisé pour désigner des poissons du genre Coregonus, comme C. albula ou C. palaea, deux espèces introduites. Ce terme désigne aussi communément le Lavaret (C. lavaretus), espèce elle aussi disparue du la lac Léman, mais encore présente dans les lacs d'Annecy, du Bourget ou d'Aiguebelette. Elle est classée comme vulnérable (voir ci-dessous), mais des programmes de reproduction pourraient conduire à son retour dans le Léman dans les années qui viennent.

Lavaret (Coregonus lavaretus)

Aphanius d'Espagne (RE)

Cyprinodonte de Valence (RE)

L'Aphanius d'Espagne est une espèce de poisson endémique à la côte méditerranéenne de l'Espagne. L'espèce est peut-être présente au nord-ouest de l'Algérie à moins qu'il ne s'agisse d'une espèce distincte, encore non décrite. Il était présent en France métropolitaine, mais en a aujourd'hui disparu.

Menaces sur l’espèce :
  • Introduction de la Gambusie (Gambusia affinis) originaire d'Amérique du Nord, comme moyen de lutte biologique contre les larves de moustiques
  • Dégradation de la qualité des eaux.

Disparu dans 14 des 30 localités où il a été identifié, on estime que A. iberus a subi un déclin démographique continu d'au moins 50% au cours des 10 dernières années. La zone d'occupation, inférieure à 500 km², est fragmentée et en déclin.

L'espèce est protégée selon la Convention de Bern et un programme de réintroduction utilisant des populations reproduites en captivité devrait aider cette espèce à se rétablir. Les menaces, toujours présentes, mettent gravement en danger cette espèce.

L'aire de répartition de Cyprinodonte de Valence (Valencia hispanica) se limite à six localités du sud de la Catalogne et du Pays valencien en Espagne. Il était autrefois présent dans le sud de la France, dans la région de Perpignan.

Menaces sur l’espèce :
  • Introduction Gambusia holbrooki dans son habitat
  • Destruction de l'habitat (marais) pour l'urbanisation et l'agriculture
  • Dégradation de la qualité des eaux.
Cette espèce a subi un déclin démographique de plus de 80% entre 1980 et 1990. En France, la transformation systématique des zones marécageuses en terres agricoles fut fatale pour l’espèce.

Un programme de reproduction a été lancé dans les années 1990 en Espagne avec une population initiale de 300 individus. Il a permis la naissance d’environ 25.000 Cyprinodonte par an. À ce jour, plus de 200.000 poissons, nés en captivité, ont été relâchés. Ces réintroductions ont été couplées à une préservation des zones humides. Même si l’espèce est encore considérée comme menacée, ce programme de sauvegarde a permis le préservation et même le repeuplement de nombreux bassins, évitant la disparition de nombreuses sous-populations.

A notre connaissance, aucun programme de réintroduction n'a été entrepris en France à ce jour.

   1.2   Espèces fortement menacées

L’Esturgeon européen (CR)

L’Anguille européenne (CR)

Présent autrefois dans tous les estuaires depuis le Golfe de Gascogne à la mer du Nord, le dernier estuaire dans lequel l’Esturgeon européen (Acipenser sturio) se reproduit naturellement est l’estuaire de la Gironde (France).. On y dénombre moins de 10 000 individus.

Menaces sur l’espèce :
  • Surpêche en mer et dans les estuaires, notamment pour la production de caviar.
  • Dégradation de la qualité des eaux.
  • Destruction des frayères (extraction de graviers).
  • Construction de barrages empêchant sa migration, indispensable à sa reproduction.

Sa pèche est interdite en France depuis 1982, et depuis 1998 à l’échelle européenne. La population d’Esturgeon européen n’a cessé de régresser et a bien failli s’éteindre définitivement dans les années 2000. En effet, il est encore victime de captures accidentelles, en mer et dans les estuaires à cause du chalutage et les autres facteurs empêchant sa reproduction sont toujours aussi présents.

Des programmes de reproduction et de réintroduction ont été lancé, notamment par l’Irstea.

L’Anguille européenne (Anguilla anguilla) se reproduisant dans la Mer des Sargasses au sud de la Floride avant de rejoindre les côtes puis les fleuves européens. Elle a vu sa population être divisée par 10 en 20 ans.

Menaces sur l’espèce :
  • Parasites : Des aquaculteurs allemands auraient importés des « anguilles japonaises » porteuse Anguillicola crassus, un parasite qui colonise la cavité abdominale et vient se fixer dans la vessie natatoire de l’anguille. C’est probablement la cause principale de la forte baisse de population.
  • Surpêche, aggravée par le braconnage à l’état juvénile (« civelles »)
  • Construction de barrages perturbant ses migrations.
  • Dégradation de la qualité des eaux des estuaires et fleuves, notamment par les pesticides, avec une forte incidence sur sa fécondité et ses défenses immunitaires.
  • Pollution lumineuse présente près des berges, des écluses ou des ponts, gênant la migration de ce poisson nocturne.

Encore fortement présente dans la gastronomie européenne, l’Anguille d’Europe fait l’objet, d’une règlement européen depuis 2007, incitant notamment tous les pays de l’Union européenne à réduire drastiquement sa pêche, augmenter les opérations de réintroduction, Réhabiliter les habitats, notamment les cours d’eau, éradiquer le ver Anguillicola crassus,…

Chabot du Lez (CR)

Apron du Rhône (CR)

Endémique à la rivière Lez (Hérault), le Chabot du Lez n'est présent que dans les 3 premiers kilomètres en aval de la source. Cette aire de répartition particulièrement restreinte entraine une vulnérabilité très importante de cette espèce.

Menaces sur l’espèce :
  • Assèchement de la rivière Lez (extraction d'eau potable pour la ville de Montpellier)
  • Dégradation de la qualité des eaux.
  • Introduction de Cottus gobio
  • Fréquentation excessive du site (Piétinements, perturbations du lit du Lez)
Depuis 2001, la source et les premiers kilomètres du Lez sont protégés par le classement du site Natura 2000. En 2012, l’État et du département de l’Hérault publient un rapport indiquant que le piétinement répétitif et la perturbations du lit du Lez, dus à une fréquentation excessive en période estivale, entrainaient un dérangement du Chabot.


L'Apron du Rhône survit dans quatre sous-populations fragmentées avec une zone d'occupation combinée inférieur à 10 km² sans aucun espoir de connexion entre elle en raison de la construction de barrages. Un déclin continu de la qualité de l'habitat a été observé en raison de la pollution et de l'extraction de l'eau.

- La sous-population de la Drome compte peu de poissons.
- La sous-population de la Durance compte environ 200 poissons/ha.
- La sous-population de la Beaume compte environ 80 poissons/ha.
- La sous-population située dans la partie supérieure du Doubs en Suisse est estimé entre 80 et 160 individus.

Aujourd'hui, il n'occupe plus que 17% de son ancienne aire de répartition.

Menaces sur l’espèce :
  • Construction de barrages nuisible à sa reproduction.
  • Dégradation de la qualité des eaux.
  • Baisse du débit des rivières due à la surconsommation d'eau et aux aménagements.
  • Réchauffement climatique et donc de l'eau.

En 1998, le programme Life Apron I voit le jour, puis en 2004, le Life Apron II, lançant les premières réintroductions d’aprons dans la Drôme. La reproduction en captivité commence en 2005 au Muséum d’Histoire Naturelle de Besançon. De plus, des travaux sont réalisés pour créer des passes à poissons et permettre aux populations de se déplacer et donc de se reproduire.

La situation de ce poisson est toujours alarmante mais moins qu’en 2010. S'il peuple toujours moins de rivières qu’il y a un siècle, il est passé de 240 km de linéaire de cours d’eau en 2010, à 360 km en 2017.

Loche d'étang (EN)

Truite de Méditerranée (EN)

La Loche d'Etang vit dans le petits lacs, les marres, mairrais, fossés et cours d'eau lent. Avec une aire de répartition immense, s'étendant au nord des Alpes, depuis la Meuse jusqu'à la Volga, elle n'est pas menacé gloabalement. Toutefois, sa présence en France l'est de plus en plus.

Menaces sur l’espèce :
  • Assèchement et le curage hivernal des zones humides.
  • Dégradation de la qualité des eaux.
  • Accumulation de la pollution dans les sédiments.

Elle ne fait pas à ce jour l'objet de mesure de protection en France ou en Europe, bien que les populations soient partout en baisse. Seule une politique de préservation/restauration des zones humides pour endiguer cette baisse, ce qui bénéficira a bien d'autres espèces, aquatiques ou non.

La Truite de Méditerranée (ou Truite à grosses tâches, Truite de Corse) est une sous-espèce de la truite commune. Elle est présente en Corse, Sardaigne, Sicile, et au sud du Fleuve Magra en Italie.

Menaces sur l’espèce :
  • Baisse du débit des rivières due à la surconsommation d'eau.
  • Surpêche et braconnage.
  • Dégradation de la qualité des eaux.
  • Ensemencement de truites non indigènes par des association de pêcheurs (hybridation).
Le programme européen Life, avec un budget de 2 millions d'Euros, met en place une série de mesures pour la protection et la sauvegarde de la truite sauvage corse. S'ajoute à ce programe quelques actions privées de reintroduction. Globalement, ces actions de protection peinent a obtenir des résultats. On soupçonne qu'au cours des 10 dernières années, la population a diminué de près de 30%.

   1.3   Récapitulatif des espèces éteintes ou menacées

Espèce Nom commun UICN France UICN Global
    Coregonus fera Féra du Léman EX EX
    Coregonus hiemalis Corégone gravenche ou Petite féra EX EX
    Aphanius iberus Aphanius d'Espagne RE A2ace EN
    Valencia hispanica Cyprinodonte de Valence RE A2ace CR
    Acipenser sturio Esturgeon européen CR A2cde; B2ab(ii,iii,v) CR
    Anguilla anguilla Anguille européenne CR A2bd+4bd CR
    Cottus petiti Chabot du Lez CR B(1+2)ab(iii) VU
    Zingel asper Apron du Rhône CR B2ab(iii) CR
    Misgurnus fossilis Loche d'étang EN A2c B2ab(iv) LC
    Salmo cettii Truite de Méditerranée EN B(1+2)ac(iv) NT
    Alosa alosa Grande alose VU B2b(iii)c(i,ii,iv) LC
    Alosa fallax Alose feinte VU B2b(iii)c(i,ii,iv) LC
    Cobitis taenia Loche de rivière VU B2ab(iii) LC
    Coregonus lavaretus Corégone lavaret VU D2 VU
    Esox lucius Brochet VU A4c LC
    Lampetra fluviatilis Lamproie de rivière VU B2b(iii)c(iii) LC
    Lota lota Lote VU A2c LC
    Salmo salar Ombre commun VU C1 LC
    Salvelinus umbla VU B2ab(iii) LC
    Thymallus thymallus VU A4abc LC
2 Les crustacés menacés
Il serait assez long de décrire ici toutes les espèces de crustacés menacées puisque 10 espèces sont classées en "Danger Critique", 8 en "Danger" et 145 "Vulnérable". Nous ne présenterons donc que 2 exemples relativement représentatifs des menaces que rencontrent les crustacés en France.

   2.1   Exemples de crustacés menacés

Ecrevisse des torrents (CR)

Chirocephalus spinicaudatus (CR)

Espèce plutôt discrète et de petite taille (moins de 10 cm), l’Ecrevisse des torrents vit dans les ruisseaux aux eaux fraîches et bien oxygénées. Son aire de répartition s’étend de l’est de France jusqu’à la Turquie. Elle a longtemps été considérée comme disparue du territoire français avant d’être redécouverte au début des années 90 en Moselle, puis dans le Bas-Rhin et en Haute-Savoie.

Menaces sur l’espèce :
  • Dégradation de la qualité des eaux.
  • Introduction de l’Ecrevisse américaine (Orconectes limosus)
  • Aménagements des cours d'eau
Avec seulement cinq populations connues en France, toutes isolées et en déclin, cette espèce est classée “En danger critique”. Une des deux populations de Moselle a disparu ces dernières années.

Des mesures sont actuellement conduites pour protéger de façon réglementaire les populations restantes. Des actions de surveillance et de sensibilisation sont également menées pour éviter de nouvelles introductions d’écrevisses américaines le long des cours d’eau.

Chirocephalus spinicaudatus est une espèce d’anostracé, endémique du Bassin parisien qui a longtemps été considérée comme éteinte suite à la destruction des seules stations connues à Paris et Ivry sur Seine. Elle a été redécouverte il y a une dizaine d’années dans trois mares assez vastes en Champagne-Ardenne. Elle & été récemment identifiée dans une mare en Franche-Comté. Ces mares ne se remplissent que lorsque la nappe d’eau souterraine affleure à la surface, ce qui n’arrive pas toujours chaque année, voire dans certains cas une fois tous les 10 ans. L’espèce survit alors sous forme d’œufs résistant à l’assèchement.

Menaces sur l’espèce :
  • Aire de répartition extrêmement restreinte
  • Isolement dess populations
  • Démoustication des plans d’eau
  • Risques de remblaiement ou de drainage des mares
Cette espèce, malgré le danger critique qu'elle court ne fait l'objet d'aucune mesure de protection à ce jour. Elle est en soit assez révélatrice de la difficulté de sensibilisé l'opinion ou les pouvoirs publics sur des espèces aussi discrètes, qu'il s'agisse de crustacés, d'insectes, de plantes...

   2.2   Récapitulatif des espèces menacées

Espèce Descipteur Ordre Famille Endémique UICN France UICN Global
    Chirocephalus spinicaudatus Simon, 1886 Anostraca Chirocephalidae X CR
    Cyzicus tetracerus Krynicki, 1830 Diplostraca Cyzicidae CR
    Daphnia mediterranea Alonso, 1985 Diplostraca Daphniidae CR
    Eoleptestheria ticinensis Balsamo-Crivelli, 1859 Diplostraca Leptestheriidae CR
    Lynceus brachyurus Müller, 1776 Diplostraca Lynceidae CR
    Moina salina Daday, 1888 Diplostraca Moinidae CR
    Echinogammarus aquilifer Pinkster, 1969 Amphipoda Gammaridae CR
    Echinogammarus zebrinus Pinkster & Stock, 1971 Amphipoda Gammaridae X CR
    Gammarus monspeliensis Pinkster, 1972 Amphipoda Gammaridae X CR
    Austropotamobius torrentium Schrank, 1803 Decapoda Astacidae CR DD
    Artemia parthenogenetica Bowen & Sterling, 1978 Anostraca Artemiidae EN
    Phallocryptus spinosa Milne-Edwards, 1840 Anostraca Thamnocephalidae EN
    Limnadia lenticularis Linnaeus, 1761 Diplostraca Limnadiidae EN
    Eulimnogammarus anisocheirus Ruffo, 1959 Amphipoda Eulimnogammaridae X EN
    Echinogammarus tabu Karaman, 1971 Amphipoda Gammaridae X EN
    Astacus astacus Linnaeus, 1758 Decapoda Astacidae EN VU
3 Les principales menaces

   3.1 La polution des eaux

Un bilan effectué en 2014 par le ministère de l'Environnement sur l'état chimique des eaux dresse un triste constat : environ 50 % des eaux de surface sont en bon état chimique (pour les deux tiers dont l'état est connu), le taux est à peu près le même pour les eaux des estuaires, tandis que les eaux souterraines et de mer vont un peu mieux avec 67 % des eaux souterraines et environ 75% des eaux côtières (sur une petite moitié dont l'état est connu) jugées en bon état.

         3.1.a Les pesticides

La difficulté lorsqu’on parle des pesticides est qu’ils forment une famille très nombreuse : plusieurs centaines de molécules sont en effet utilisées. Rien que pour l’agriculture, on en compte plus de 500, qui entrent dans la formulation d’environ 2 900 produits commercialisés. Par ailleurs, ces molécules se dégradent dans la nature, générant d’autres molécules. Or les toxicités de chacune de ces substances, pesticides et produits de dégradation, diffèrent et sont pour la plupart mal connues notamment les effets à long terme, même de doses infimes mais répétées. Les effets sont très divers suivant le produit et suivant les espèces : baisse de fertilité, perturbations hormonales, problèmes neurologiques, cancer… Lorsqu’ils ne sont pas tout simplement léthal. Lorsqu’ils ne sont pas directement toxiques pour une espèce, ils peuvent l’atteindre en décimant un maillon de la chaine alimentaire, notamment le phytoplancton et le zooplancton.

La contamination des cours d’eau et des nappes souterraines concerne une large part du territoire français, mais comme les cartes ci-dessous le montre, les grandes plaines agricoles sont les plus touchées avec une contamination généralisée. Les pesticides sont en effet à 90% d’origine agricole, les traitements des voiries étant la seconde source, suivi par l’utilisation par les particuliers.

A titre d’exmeple, en 2014, l’agence de l’eau Rhône-Méditerranée-Corse (RMC) a recensé 150 produits différents dans les près de 3 000 cours d’eau du Sud-Est de la France – majoritairement des herbicides. Ces quantités sont stables, tout comme les concentrations depuis 2008. Leurs taux atteignent localement jusqu’à 200 fois la norme de l’eau potable. Parmi ces produits, on retrouve le glyphosate, aussi connu pour décimer les abeilles, l’atrazine, un cancérigène notoire, la terbuthylazine, la simazine… Par ailleurs, sur ces 150 produits, 36 sont interdits depuis au moins 2008. Les prélèvements effectués six à douze fois par an indiquent des pics au moment des épandages d’herbicides, il ne s’agit donc pas de quelques traces persistantes, mais bien d’utilisations renouvelées malgré l’interdiction.

Concentration en pesticides dans les eaux de surface.
 Concentration 
    Plus de 2 µg/l
    0.5 à 2 µg/l
    0.1 à 0.5 µg/l
    moins de 0.1 µg/l
    Données manquantes
    un seul point de mesure
La concentration admise pour l'eau potable est inférieur à 0.1µg/l.

Nombre de pesticides détectés en 2013
 Nombre de pesticides   Nombre de points   % de points 
    Plus de 25 596 20.2%
    10 à 25 1097 37.2%
    de 6 à 9 400 13.6%
    de 3 à 5 308 10.4%
    1 ou 2 303 10.3%
    Aucun 246 8.3%


Les pouvoirs publics tentent d’apporter des solutions à ce problème, avec plus ou moins de résultats et plus ou moins de bonne volonté. À la suite du Grenelle de l’environnement, le plan Ecophyto, piloté par le ministère en charge de l’Agriculture, a été mis en place en 2008 et révisé fin 2015. Le dispositif a été renforcé pour le volet non agricole par la loi Labbé, adoptée en janvier 2014, qui vise à mieux encadrer l’usage des phytosanitaires. Le glyphosate devrait être interdit d’ici 2021, malgré les réticences de l’Assemblé Nationale, avec des dérogations…

Que faire à notre échelle ? Evidemment, bannir l’usage des phytosanitaires dans nos jardins, mais surtout encourager les filières agricoles « raisonnées » et l’agriculture biologique lors de nos achats !

         3.1.b Les nitrates

Très solubles dans l’eau, les nitrates constituent aujourd’hui la cause majeure de pollution des grands réservoirs d’eau souterraine du globe qui par ailleurs présentent en général une qualité chimique et bactériologique satisfaisante pour l’alimentation. Cette pollution a débuté à la fin des années 1950 et n’a fait qu’augmenter depuis lors. Alors qu’en l’absence de contamination, la teneur en nitrates des eaux souterraines varie de 0,1 à 1 milligramme par litre d’eau, elle dépasse souvent aujourd’hui 50 milligrammes par litre, norme retenue pour les eaux potables par l’Organisation mondiale de la santé. Désormais, de telles eaux nécessitent donc un traitement spécifique pour pouvoir être consommées. Provenance :
  • 66 % de l’agriculture
  • 22% collectivités locales
  • 12% Industrie

Pour la part agricole, elle provient de l’épandage de doses massives d’engrais azotés et de lisier. Les zones les plus atteintes sont les plaines alluviales, lieux privilégiés d’agriculture intensive, récoltant les eaux des grands bassins versants. Les régions les plus touchées sont la Bretagne, la Champagne-Ardenne, le Centre et le Poitou-Charentes et l'Île-de-France. L'essentiel de cette pollution est dû à la différence entre les apports en nitrates sous forme d’engrais et leur consommation par les plantes. En France, selon un bilan du ministère de l'Agriculture, cet excédent est passé de 320 000 tonnes en 1995, à 400 000 tonnes en 1997.

Concentration en nitrate dans les eaux de surcace

Concentration en nitrate dans les eaux de surcace

La pollution par les nitrates est un problème complexe. S’il sont l’un des principaux nutriments pour les plantes, les nitrates sont également consommés par les microorganismes (bactéries ou champignons) présents dans la terre. Ils participent ainsi à la synthèse de matière organique du sol qui stocke en son sein l’azote qui n’a pas été consommée par les plantes, et ce jusqu’à la mort de ces microorganismes. Leur décomposition libère alors l’azote sous la forme de nitrates. Mais cette libération peut se produire à tout moment de l’année, notamment lors des périodes de repos des plantes. Dans ce cas, les nitrates libérés sont lessivés par les eaux de ruissellement et d’infiltration, se retrouvant selon les cas dans les rivières ou dans les nappes phréatiques.

Les nitrates emportés par les eaux d’infiltration au cours d’une année ne proviennent donc que pour une faible part des engrais apportés cette même année. L’essentiel provient de la production de nitrates par la matière organique morte des sols, c’est-à-dire des nitrates épandus les années précédentes et stockés. À ceci s’ajoute le temps d’infiltration de l’eau dans les sols. Chaque épandage contribue à la contamination des eaux de façon immédiate mais aussi durant de nombreuses années. Même si l’on arrêtait aujourd’hui de fertiliser les sols, ce qui est illusoire, il faudrait attendre plusieurs décennies avant d’obtenir une baisse significative dans les eaux souterraines. Pour les eaux de surface, leur écoulement rapide réduirait ce délai à quelques années.

La pollution des eaux par les nitrates est bien connu des aquariophiles pour sa toxicité à long terme pour la faune aquatique. Par ailleurs, ils contribuent avec les phosphates à modifier l’équilibre biologique des milieux aquatiques entrainant des phénomènes d’eutrophisation, notamment dans les milieux relativement fermés (lacs, marais,…)

Après un pic dans les années 90, on constate une légère baisse des concentrations en nitrate dans les eaux de surface à partir de l’an 2000, mais ces résultats restent limités tant géographiquement que quantitativement et ne se retrouvent pas dans les eaux souterraines dont l’inertie est plus importante. Ils sont probablement le fruit de la Directive Européenne 91/676/CEE, dite « directive nitrates », concernant la protection des eaux contre la pollution par les nitrates à partir de sources agricoles, et transposé dans le droit français en 1993 et 1996.

         3.1.c Les médicaments

En 1976, une première étude mettait en évidence des résidus médicamenteux à la sortie d'une station d'épuration à Kansas City (États-Unis). Depuis les connaissances avancent sur ces agents chimiques indésirables retrouvés dans l'environnement à dose infinitésimale, mais elles restent très parcellaires. Ce sont près de 4000 molécules médicamenteuses recensées par la Commission européenne qu’il faudrait analyser, ainsi que leurs interactions ou l’effet d’une exposition à long terme.

L’origine des ces molécules est assez divers. Une partie est d’origine humaine. Les médicaments éliminés par l'urine ou les selles sont acheminés par les égouts vers les stations d'épuration qui n'ont pas été conçues pour éliminer toutes les traces de molécules que la chimie et la pharmacie ont pu inventer depuis ces quarante dernières années. Certains médicaments seront dégradés par la station d'épuration, d'autres se fixent dans les boues, mais certains passent en partie à travers le traitement et se retrouvent déversés et dilués dans les cours d'eau. Une seconde partie provient des rejets liquides des usines de production pharmaceutiques qui sont parfois envoyés vers la station d'épuration. Enfin, une troisième partie vient des traitements vétérinaires. Les proportions sont très variables selon les régions en fonction des zones d'élevage intensif et de pisciculture où s'utilisent des antibiotiques et des produits antiparasitaires. Les résidus de médicaments vétérinaires se retrouvent dans les lisiers épandus sur les champs ou évacués dans les pâturages, puis se retrouvent par ruissèlement dans les rivières ou dans les eaux souterraines.

Une étude de l’université Paris-Sud-II a mesuré, il y a quelques années, le potentiel œstrogène et notamment l'éthyniloestradiol dans les eaux de la région parisienne. Cette molécule est la plus utilisé dans les pilules contraceptives. Les stations d'épuration libèrent des traces d'hormones qui se traduisent par des concentrations très faibles de quelques nanogrammes par litre dans la Seine. Mais même à ces concentrations, les hormones perturbent le développement sexuel des poissons (infertilité, modification du ratio mâle/femelle…).

Même si les techniques d’élimination de ces molécules existent, il est totalement illusoire de s’attendre à ce qu’un jour nos stations d’épuration puissent les éliminer. Ce type de traitement n’est ni supportable par la collectivité, ni une priorité. Actuellement, on cherche plutôt à avoir des stations d’épuration capables de ne pas déborder en cas de forte pluies… Les axes d’amélioration sont donc plus à trouver auprès de l’industrie pour avoir plus de molécules biodégradables, moins de rejets et auprès de grand publique, mieux informer sur la toxicité des cosmétiques et sur le recyclage des médicaments non utilisés. L’incapacité de traiter ces molécules dans les stations de traitement des eaux entraine donc non seulement une pollution des rivières, mais aussi la présence de ces molécules dans l’eau potable.

         3.1.d Autres composées chimiques

110.000 molécules susceptibles de poser problème selon la Commission européenne… Difficile dans ce cas d’en faire l’inventaire ! La pollution chimique est partout. Selon les cas, elle peut être locale ou globale, passagère ou chronique. Ses origines peuvent être volontaires, comme le déversement par l'entreprise Suez sous-traitante d'Arcelor (Florange), de produit toxique dans le crassier de l'usine sidérurgique au lieu de le retraiter en centre spécialisé. Les origines peuvent aussi être accidentelles, comme l’envoi de lactose vers une station d’épuration chez Lactalis puis vers la Seiche (Ile et Vilaine) qui a entrainé la mort de milliers de poissons par asphixie (Le lactose est une matière organique qui consomme de l’oxygène pour se décomposer). Mais le plus souvent l’orignie d’une pollution est liées à notre mode de vie comme pour les PCB.

Les PCB

Les PCB (polychlorobiphényles ou pyralène) était utilisé pour la fabrication du linoléum, des peintures, de l'asphalte, des résines, de l'encaustique, des produits antirouille, des textiles, des caoutchoucs, des adhésifs… Cette famille de polluants est nocive pour la santé des poissons comme des humains. Ils affectent le système immunitaire, entraine de trouble du développement cérébral et sont suspectés d’affecter la fertilité.

Bien qu’interdit à la vente depuis 1987, ils sont encore omniprésents. Une fois dispersés dans l'environnement, les PCB sont extrêmement persistants. En juillet 2011, 437 sites terrestres pollués étaient comptabilisés, en avril 2013, il y en a 550.

Carte des rivières polluées au PCB où la pêche est interdite
L’interdiction d’un produit demande souvent des années de recherche pour prouver son caractère nuisible, puis une décision politique opposant généralement écologistes et industriels tout aussi longue à prendre. Puis encore des années (voir des siècles) avant que la nature dégrade ces produits. Il est donc de notre devoir de citoyen et de consommateur de s’informer sur les produits que nous utilisons, de veiller à utiliser des produits biodégradables et d’envoyer nos déchets vers des filières de retraitement adaptées.

   3.2 Aménagement du territoire

         3.2.a Les barrages

A partir du 19ième siècle, on aménage les cours d’eau avec des seuilsou barrages, construits pour différentes raisons : utiliser l’énergie des cours d’eau, créer des plans d’eau, faciliter la navigation… Cela continuera durant le 20ième siècle notamment avec l’apparition des grands barrage hydroelectrique.

Tous les bassins fluviaux sont affectés par ce phénomène. On peut citer le bassin Loire-Bretagne qui compte plus de 12000 seuils ou barrages, et même si 60% d’entre eux n’ont plus aucun usage aujourd’hui, leur présence continue de briser la continuité écologique. Le bassin de la Dordogne quant à lui est fractionner par une vingtaine de barrages hydroelectriques qui sont autant d’obstacles pour la migration de l’Esturgeon européen.

Conséquences de la construction d’un barrage
  • Impossibilité pour les poissons migrateurs d’atteindre leur zone de reproduction et/ou de croissance.
  • Fragmentation de population (moindre diversité génétique)
  • Baisse du flux affectant les poissons d’eau vive.
  • Risque de stratification chimique (teneur en oxygène dissous élevée en surface et quasi nulle en profondeur)
  • Dissolution d’éléments du sol comme le mercure
  • Fluctuations du niveau de l’eau (marnage) pouvant gêner le développement de la végétation fluviale

Une étude menée sur une période de 10 ans par l' Institut de Recherche pour le Réveloppement, l’HYDRECO et l'Université de Goias au Brésil a par exemple montré que la construction du barrage de Petit Saut en Guyane française avait eu pour conséquence la disparition de 10 espèces sur une moyenne de 45 capturées avant le barrage, mais aussi l’apparition de 2 espèces absentes avant la construction. Certaines populations sont en hausses tandis que d’autres sont en baisse.

Quelques solutions mises en place

Des « échelles », « écluses » ou « ascenseurs » à poissons sont parfois construits à côté des barrages afin de permettre la migration des poissons. De plus certains barrages arrêtent le turbinage lors des périodes de dévalaison de l’anguille. La nécessité d'assurer la circulation des espèces et notamment celle des grands migrateurs est un objectif important de la Directive Cadre Européenne et de la loi n°2006-1772 sur l'eau et les milieux aquatiques, même si elle est assez peu contraignante.


Passe à poissons

         3.2.b Aménagement de rivières et zones humides

Par la richesse biologique qu’elles abritent et les fonctions naturelles qu’elles remplissent, les zones humides constituent un patrimoine naturel exceptionnel. De nombreuses espèces végétales et animales y sont inféodées : en France métropolitaine, bien qu'elles ne couvrent que 3 % du territoire, elles hébergent un tiers des espèces végétales, la moitié des espèces d'oiseaux et la totalité des espèces d'amphibiens et de poissons. De nombreuses espèce de poissons ne sont présente que dans les zone humides ou en dépendent pour leur reproduction (voir plus haut : Cyprinodonte de Valence ou Loche d'étang).

Depuis les moyen-âge, de nombreuses rivières ont subi de profondes modifications de leur structure par dragage, curage, recalibrage ou encore endiguement. La création de canaux artificiels ou encore le bétonnage des rives contribuent également à la dégradation des zones humides. Les objectifs de ces aménagements sont essentiellement la lutte contre les crues et la création de terres agricoles. Ces travaux entraînent des modifications importantes des habitats et de la composition biologique (frayère, faune, flore…) ainsi que du fonctionnement écologique des cours d'eau et des zones humides annexes.

L’extraction des granulats provenant des zones alluviales est un autre fléau entrainant souvent la perte de zones humides en modifiant considérablement le fonctionnement de la nappe phréatique ou en asséchant les marais riverains. Celle provenant du lit mineur est aujourd'hui interdite, mais l’impact des exploitations passées perturbe encore le fonctionnement général de l'écosystème alluvial.

On estime que la surface de zone humide en France métropolitaine est passé durant le 20ième siècle de 4 millions d’hectares à 1,5 millions.

Même si ces zones sont encore très menacées, on assiste à une prise de conscience de leur importance par les pouvoirs publics. La France est signataire de la convention de Ramsar sur les milieux humides (1971) depuis 1984. Elle comptait 43 sites Ramsar en 2015 et 48 en 2017 pour une superficie de plus de 3,6 millions d’hectares (outre-mer compris). Cette augmentation du nombre de sites protégés est une conséquence du 3e Plan national d'action en faveur des milieux humides (2014-2018).

   3.3 Espèces invasives

         3.3.a Origine des espèces invasives

Une espèce invasive est une espèce vivante allochtone qui devient un agent de perturbation nuisible à la biodiversité autochtone des écosystèmes naturels parmi lesquels elle s’est établie. Si la plupart des espèces exotiques persistent seulement au travers de petites populations isolées, quelques-unes peuvent proliférer, notamment cas d’absence de prédateur. On voit alors apparaître des populations importantes susceptibles de menacer les espèces indigènes et/ou modifier profondément le fonctionnement d’un écosystème.

Si ce phénomène a toujours existé, il a pris de l’importance à partir de XVème siècle et la période des grandes découvertes. Avec l’intensification des échanges commerciaux, le nombre d’espèces invasives n’a eu de cesse de croitre. La vitesse d’apparition d’espèce invasive a augmenté de 36% ces 30 dernières années.

Certaines introductions sont accidentelles. On sait par exemple que les poissons ont pu changer de mer depuis l’ouverture du canal de Suez ou que certains mollusques ont voyagé accroché aux coques des bateaux. D’autres introductions sont volontaires, comme l’introduction de la Gambusie pour la démoustification, de la truite des fontaines pour la pêche de loisir, et de l’écrevisse de Louisiane pour l’élevage. Ces introductions si elles sont une cause de la baisse d’une population autochtone, en sont aussi souvent une conséquence. L’introduction de la Gambusie est une conséquence d’une moindre prédation des larves de moustique par les espèces autochtones déjà fragilisées, l’introduction de la truite des fontaines répond à la raréfaction des Truites de Méditerranée liée à la surpêche,… Ces introductions, si elles ne partaient d’une mauvaise intention (mieux vaut un prédateur que des insecticides !), ont donc été une mauvaise réponse à un problème et n’a fait que accentuer la cause initiale.

Les mécanismes fragilisant les espèces autochtones sont assez divers. Il peut s’agir de l’introduction d’un nouveau prédateur, d’une concurrence alimentaire accrue, d’hybridation, de la destruction de l'habitat…


Gambusia affinis

         3.3.b L'exemple du marais de Brière

Le marais de Brière est un bon exemple pour comprendre l’influence des espèces invasives. Quelques écrevisses de Louisiane y sont arrivées au début des années 90, échappées d’un élevage en bordure de marais. Après une période d’acclimatation et en l’absence de prédateur naturel, la population a explosé début 2000, pour atteindre jusqu’à 40 individus au mètre carré. Ces écrevisses voraces et fouisseuses ont ravagé en quelques années l’ensemble de l’écosystème du marais.

Cela a commencé par la disparition des nénuphars, les grenouilles n’ont alors plus trouvé où se poser et ont déserté le marais. Sans grenouille à manger, leurs prédatrices, les couleuvres à collier, ont aussi disparu. Avec la disparition des myriophylles, les poissons ont perdu leurs refuges et leurs zones de pontes. Les dytiques et libellules ont disparu à leur tour du marais, tout comme les escargots d’eau douce, pris en étau entre le manque de ressources et la prédation directe des écrevisses.

Les seules espèces qui s’en sortent sont les espèces les plus rustiques, souvent elles-mêmes invasives. Jussie et myriophylle du Brésil, pour les végétaux, poisson-chat, carassin et perche soleil, pour les poissons.

Des expériences pour enrayer le phénomène ont été mises en œuvre, sans succès, souvent faute de moyens financiers. Et l’histoire de répète ailleurs, comme dans le parc de la Brenne (près de Châteauroux) depuis quelques années ou dans le marais poitevin.

         3.3.b Liste des espèces invasives aquatiques (non exhaustive)

Poissons

Brème de Danube (Ballerus sapa) 
Carpe commune (Cyprinus carpio) 
Perche soleil (Lepomis gibbosus) 
Gambusie (Gambusia Affinis) 
Gobie fluviatile (Neogobius fluviatilis) 
Gobie à taches noires (Neogobius melanostomus) 
Gobie de Kessler (Ponticola kessleri) 
Gobie demi-lune (Proterorhinus semilunaris) 
Pseudorasbora (Pseudorasbora parva) 
Sandre (Sander lucioperca) 
Silure glane (Silurus glanis ) 

Mollusques

Moule asiatique (Arcuatula senhousia) 
Corbicule japonaise (Corbicula leana) 
Palourde asiatique (Corbicula fluminea) 
Palourde asiatique (Corbicula fluminalis) 
Moule zébrée (Dreissena polymorpha) 
Moule d'Amérique (Mytilopsis leucophaeata) 

Arthropodes

Ecrevisse de Louisiane (Procambarus clarkii) 
Ecrevisse de Californie (Pacifastacus leniusculus) 
Ecrevisse américaine (Faxonius limosus) 

Du coté des plantes, dans la longue liste des plantes aquatiques invasives, on retrouve entre autre, la Cabomba caroliniana, l'Hydrocotyle ranunculoides, la Ludwigia grandiflora, le Myriophyllum aquaticum, Eichhornia crassipes,... Des plantes bien connues des aquariophiles!

Il est de notre responsabilité d'aquariophiles de veiller à ce qu'aucune des espèces animales ou végétales maintenues ne soient relachées dans la nature. Les conséquences pour les espèces locales peuvent être désastreuses!

   Et maintenant?

Le tableau dressé semble assez noire et il l'est à bien des égards. Mais il ne faut sombrer ni dans un excès de pessimisme, ni dans un optimisme béat. La prise de conscience écologique de notre société est réelle et engendre des initiatives qui portent leurs fruits. Les espèces menacées sont suivies et font quasiment toutes l'objet de mesures de protection. Dans la majorité des cas, ces mesures ont déjà abouti à une stabilisation ou une augmentation des populations. Sur le front des menaces écologiques, des programmes d’ampleur pour la restauration des habitats aquatiques sont actuellement en cours dans plusieurs régions françaises. Les efforts déjà engagés commencent à montrer des résultats. L’un des faits les plus marquants est celui de la Seine : à la suite de mesures importantes pour l’amélioration de la qualité de l’eau du fleuve, le nombre d’espèces de poisson est passé de douze à trente-deux entre 1983 et 2013. Plusieurs poissons migrateurs comme le saumon, la truite de mer ou l’alose ont fait un retour marqué, signes révélateurs du succès de l’opération. Cependant, L'utilisation de pesticides est au plus haut, les prélèvements d'eau et les faibles pluies ont conduit de nombreux cours d'eau historiquement bas l'été dernier,... Il reste donc un long chemin à parcourir pour retrouver une situation sanitaire correcte dans l'ensemble des cours d'eau de notre territoire. Il en va certes de la survie de nombreuses espèces animales, mais aussi de notre santé. La restauration de la qualité de nos cours d'eau est une lourde tâche, qui n'incombe pas seulement aux pouvoirs publics, mais aussi aux industriels, agriculteurs et surtout aux citoyens et consommateurs que nous sommes.

Sources :

UFC-Que Choisir
Association Robin de Bois
Mission Inter-Services de l’Eau et de la Nature du Finistère
Office Nationale de l'Eau et des Mileux Aquatiques
Office Internationnal de l'Eau