Le genre Ctenochaetus se nourrit de fines matières détritiques. Ils frottent le sable ou le substrat rocheux avec leurs dents et utilisent la succion pour aspirer la matière détritique qui se compose de diatomées, de petits fragments d'algues, de matière organique et de sédiments inorganiques fins. On a également observé qu'il nettoyait les algues sur les carapaces des tortues de mer. Même s'il est essentiellement végétarien, il peut aussi picorer de petits invertébrés de manière opportuniste.
En aquarium, il n'est pas compliqué à nourrire. On peut lui proposer des des mysis et des artémias avec un supplément d’algues lyophilisées.