La principale menace pour cette espèce est la pêche, très courante à l'intérieur du réservoir et observée lors de la collecte d'échantillons pour sa description. L'érosion causée par les plantations proches de la zone d'occurrence de l'espèce peut également recouvrir les rochers où Hemiancistrus chlorostictus survit encore. La pollution de l'eau du réservoir par les eaux usées domestiques de la ville de Passo Fundo, que traversent les affluents du réservoir, ainsi que par les pesticides, constitue également une menace pour la survie de ce Loricariidé.