Comme pour les autres Loricariidae dans les affluents supérieurs des rios Guaviare et Meta dans les versants andins, l'habitat de Chaetostoma joropo est menacé par la déforestation, l'agriculture, l'exploitation pétrolière et les effluents urbains. Le changement d'utilisation des terres dans ces bassins versants andins est susceptible de modifier l'hydrologie, le transport des sédiments et les conditions d'habitat dans les systèmes fluviaux, avec des conséquences néfastes pour la biodiversité aquatique.