L'habitat de Chaetostoma dorsale est soumis à une dégradation progressive dans certains bassins versants, notamment en raison de la déforestation pour l'agriculture et l'exploitation pétrolière. L'aire de répartition de l'espèce comprend d'importants centres urbains, tels que Villavicencio et Yopal, qui rejettent des effluents dans les rivières. Le changement d'utilisation des terres dans ces bassins versants est susceptible de modifier l'hydrologie, le transport des sédiments et les conditions d'habitat dans les systèmes fluviaux, avec des conséquences néfastes pour la biodiversité aquatique.