Hydrotriche hottoniiflora a une zone d'occurrence de 238 349 km², une zone d'occupation de 171 km² et apparaît dans 13 localités. Onze sous-populations poussent en dehors du réseau d'aires protégées et connaissent un déclin continu en raison de la dégradation et de la destruction de l'habitat dues aux activités agricoles, aux incendies de forêt, à l'érosion et à la sédimentation des sols, à l'exploitation de carrières (fabrication de briques), aux espèces exotiques/non indigènes envahissantes et au développement urbain. Elle est donc évaluée comme NT. Elle se qualifie presque pour une inscription menacée comme "Vulnérable" selon le critère VU B2ab(ii,iii,vi,v).
Hydrotriche hottoniiflora var. terrestris Bonati endémique de Madagascar est considérée comme "En voie de disparition" (B2ab(ii,iii,iv,v)).
L'espèce est menacée par la dégradation ou la destruction de son habitat due à l'agriculture, l'aquaculture, l'augmentation de la fréquence des incendies, les espèces végétales non indigènes envahissantes, le développement urbain, l'érosion et la sédimentation , les inondations et la pollution.