Cette espèce est classée dans la catégorie "Préoccupation mineure" car elle est répandue avec des sous-populations stables et ne fait face à aucune menace majeure.
Azolla pinnata est considérée comme invasive dans son aire d'origine et dans les pays où elle a été introduite accidentellement.
A. pinnata peut se propager rapidement et a la capacité de survivre sur un sol humide dans et autour des rivières, des fossés et des étangs. Elle forme des tapis de surface denses qui dégradent la qualité de l'eau en réduisant les niveaux d'oxygène. En Nouvelle-Zélande, elle a remplacé une fougère flottante indigène, A. rubra, dans la majeure partie du nord de la Nouvelle-Zélande (Owen, 1997).