L'espèce à une zone d'occurrence d'env. 76 500 km² et une zone d'occupation estimée à 170 km². Quatre de ses dix-sept sous-populations connues se trouvent dans le réseau national d'aires protégées, et bien que celles-ci bénéficient d'un certain niveau de protection, les autres sont toutes menacées par la baisse de la qualité de l'habitat en raison d'une augmentation de la fréquence des incendies pour l'agriculture sur brûlis, l'érosion des sols et la sédimentation, l'exploitation forestière et les activités de récolte et d'exploitation du bois, ainsi que la concurrence avec les espèces envahissantes.
Treize emplacements peuvent être distingués pour l'espèce dans son aire de répartition, ce qui est trop pour induire le statut "Menacé", mais avec sa faible zone d'occurrence (AOO) et les menaces continues généralisées pour son habitat, une évaluation de "Quasi menacée" (NT) est justifiée.
Néanmoins, Aponogeton bernierianus est présent dans les aires protégées du lac Alaotra, du corridor forestier Ankeniheny Zahamena, de Masoala et de Zahamena, dans laquelle une seule sous-population bénéficie au moins d'une protection légale.