Le Gnathochromis permaxillaris se nourrit de zooplancton et a développé un appareil buccal étonnamment protractile. De plus, il possède des dents coniques assez fortes sur la rangée de dents extérieure des deux mâchoires, ce qui est inhabituel chez un zooplanktivore. En raison de son alimentation en copépodes, on peut supposer que G. permaxillaris vit en grande partie au-dessus du fond et peut être classé comme bathypélagique. La profondeur de son habitat est liée à la disponibilité du plancton, qui varie selon l'heure de la journée. Contrairement à de nombreux mangeurs de zooplancton, cette espèce ne semble pas vivre en bancs.