En milieu naturel, on trouve Pseudotropheus johannii dans les habitats intermédiaires principalement près des roches à environ cinq mètres de profondeur où il se nourrit à la fois sur les substrats rocheux et sableux, ainsi que de matières en suspension dans la colonne d'eau, avec un régime composé d'algues bleu-vert et de diatomées.
En aquarium, Pseudotropheus johannii accepte la plupart des aliments proposés, mais les végétaux sous forme de flocons de spiruline, d'épinards blanchis,... doivent constituer une grande partie de son régime qui peut être complété par des aliments vivants et congelés variés.