Il est probable que l'A. margaritifer soit menacé par la dégradation de son habitat. La perte récente de forêts (très probablement due à l'augmentation spectaculaire de la population urbaine autour du lac Petén Itzá) a augmenté le ruissellement de surface et accéléré l'érosion des sols autour du lac. Les apports d'azote et de phosphore provenant des sols érodés, des déchets humains et animaux et des engrais ont probablement contribué à l'eutrophisation du lac. L'eutrophisation est actuellement limitée à une partie du lac, mais comme la population du bassin versant de Petén Itzá continue d'augmenter, l'enrichissement en nutriments sera probablement observé dans d'autres zones du lac.