L'Apron du Rhône survit dans quatre sous-populations fragmentées avec une zone d'occupation combinée inférieure à 10 km² sans aucun espoir de connexion entre elle en raison de la construction de barrages. Un déclin continu de la qualité de l'habitat a été observé en raison de la pollution et de l'extraction de l'eau.
- La sous-population de la Drome compte peu de poissons.
- La sous-population de la Durance compte environ 200 poissons/ha.
- La sous-population de la Beaume compte environ 80 poissons/ha.
- La sous-population située dans la partie supérieure du Doubs en Suisse est estimé entre 80 et 160 individus.
Aujourd'hui, il n'occupe plus que 17% de son ancienne aire de répartition.
En 1998, le programme Life Apron I voit le jour, puis en 2004, le Life Apron II lançant les premières réintroductions d’aprons dans la Drôme. La reproduction en captivité commence en 2005 au Muséum d’Histoire Naturelle de Besançon. De plus, des travaux sont réalisés pour créer des passes à poissons et permettre aux populations de se déplacer et donc de se reproduire.
La situation de ce poisson est toujours alarmante mais moins qu’en 2010. S'il peuple toujours moins de rivières qu’il y a un siècle, il est passé de 240 km de linéaire de cours d’eau en 2010, à 360 km en 2017.