Considérée comme invasive dans de nombreux pays, elle peut former des colonies de forte densité : jusqu'à 20 000 moules par mètre carré. Sa présence peut alors poser problème aux installations humaines en obstruant des canalisations, bloquant des portes d'écluses...
La densité des colonies peut engendrer une concurrence alimentaire importante et menacer d'autres espèces plus fragiles. Ainsi, dans le bassin du Mississippi, la quasi totalité de 60 espèces de moules endémiques est menacée par la moule zébrée (et la dégradation de la qualité de l'eau). Cette menace est globale en Amérique du nord où l'on recense 186 espèces d'Unios, soit 1/3 de toutes les espèces de moules d'eau douce.
Cette espèce est aussi vectrice de la bucéphalose larvaire, maladie pouvant toucher certains poissons, en particulier les Cyprinidés.