Les populations sauvages d'Etroplus suratensis sont menacés par la détérioration de l'habitat causée par les rejets de matières fécales humaines. Des espèces exotiques comme Oreochromis mossambicus, Trichogaster trichopterus constituent une menace majeure, de même que l'apparition du syndrome ulcératif épizootique (SUE), qui s'est propagé en Asie du Sud et du Sud-Est depuis 1980.