Hippocampus reidi est menacé par les prises accessoires dans les chaluts et les pêcheries artisanales. Il est également fortement ciblé pour le commerce aquariophile. L'espèce pourrait également souffrir de la dégradation et de la perte de l'habitat des mangroves, des coraux et des herbiers marins. En particulier, elle est potentiellement sensible à la dégradation de l'habitat en raison de sa relation étroite avec les structures des mangroves. Des expériences montrent que le pétrole brut et l'hypoxie dans le golfe du Mexique endommagent l'ADN et nuisent au fonctionnement morphologique de H. reidi, mais l'impact sur la population n'est pas connu.
Cette espèce est considérée comme menacée aux États-Unis par l'American Fisheries Society. Ils citent la rareté de l'espèce et la dégradation de ses habitats d'herbes marines dans le sud de la Floride comme raisons de cette inscription. De plus, H. reidi est considérée comme vulnérable au Venezuela, en Colombie et au Brésil. Dans ce dernier pays, l'espèce est également classée comme vulnérable dans les listes rouges de quatre États (Espírito Santo, Rio de Janeiro, Paraná et Santa Catarina) ; à São Paulo, elle est considérée comme une espèce nécessitant une gestion de la pêche et des politiques pour sa conservation. Au Mexique, il figure sur la liste NOM-059-SEMARNAT-2001 en tant qu'espèce faisant l'objet d'une protection spéciale.