Canthigaster valentini se nourrit sur le benthos, principalement d'algues vertes et rouges filamenteuses, de tuniciers et, en plus petites quantités, de coraux, de bryozoaires, de polychètes, d'échinodermes, de mollusques et d'algues brunes et rouges coralliennes. En se nourrissant de coraux, C. valentini peut avoir un impact négatif sur leur rétablissement après le blanchiment.