Aponogeton bogneri est une endémique étroite jusqu'à présent collectée dans deux localités de la même zone en RDC (Haut-Katanga) où elle est restreinte aux rivières profondes et rapides sur les lieux ensoleillés uniquement. La zone d'occupation est inférieure à 20 km2 et le nombre de localités est inférieur à cinq. L'habitat dans cette zone subit une forte pression de l'exploitation minière et il est probable que l'étendue et la qualité de l'habitat de cette espèce soient en déclin. L'espèce est désignée comme étant "En voie de disparition".
Les principales menaces pour cette plante sont supposée être celles qui affectent la qualité et la quantité de l'eau, en particulier la pollution de l'eau, les températures extrêmes, l'invasion et la sécheresse soudaine.
Il est également mentionné que la plupart des espèces du genre Aponogeton ont des tubercules, des feuilles et des inflorescences comestibles (Flore d'Afrique Centrale). Ce n'est pas jugé clair pour cette espèce, mais dans tous les cas, il s'agit d'une exploitation qui, si elle n'est pas contrôlée, peut affecter la population et plus tard la survie de cette espèce.
L'activité minière et l'exploitation forestière s'étendent dans la zone générale où cette espèce est présente, ce qui peut augmenter la turbidité de l'eau et avoir un impact négatif sur cette espèce.