Espèce protégée selon la Convention de Bern. Disparu dans 14 des 30 localités où il a été identifié.
On estime que A. iberus a subi un déclin démographique continu d'au moins 50% au cours des 10 dernières années. La zone d'occupation, inférieure à 500 km², est fragmentée et est en déclin en raison de la pollution et de l'introduction de la Gambusie (Gambusia affinis), originaire d'Amérique du Nord, comme moyen de lutte biologique contre les larves de moustiques. Les deux espèces vivent dans des niches trophiques identiques et se sont donc retrouvées en compétition. Plus adaptable La Gambusie, a entraîné la disparition de nombreuses populations d'Aphanius.
Bien qu'un programme de réintroduction utilisant des populations reproduites en captivité puisse aider cette espèce à se rétablir, les menaces seront toujours présentes.