Le bassin du fleuve Uruguay a subi une déforestation intense depuis le début de la colonisation. 92,4 % de la couverture forestière d'origine a été perdue, ce qui a affecté l'équilibre écologique, provoquant un processus de désertification dans la zone où se trouve Crenicichla prenda. De plus, avec l'existence d'au moins 13 barrages, il y a un haut degré de fragmentation des rivières dans le bassin et, en conséquence, la plupart des populations d'espèces de poissons migrateurs sont sévèrement diminuées dans le milieu et le haut du fleuve Uruguay. Cependant, on ne sait pas comment ce changement d'habitat aurait affecté C. prenda qui n'est pas migrateur.