Synodontis multipunctatus est essentiellement molluscivore.
Dans le lac Tanganyika, sa proie préférée est l'escargot Neothauma tanganyicense. Il se nourrit aussi de larves d'insectes
Mais fort heureusement, c'est un poisson omnivore gourmand qui acceptera les aliments vivants, congelés et séchés.
Il appréciera aussi les végétaux sous forme de pois écossés, de concombre, etc., qu'il râpera avec les dents de sa mâchoire inférieure.