Les captures pour l'aquariophilie ont un effet important sur les populations naturelles des espèces de Corydoras. Même si Corydoras habrosus a une large étendue d'occurrence (EOO), la majorité des localités sont concentrées dans les piémonts, où un déclin continu de l'étendue, de la qualité et de l'intégrité de son habitat aquatique a été détecté, lié à la déforestation extensive, à la transformation des rivières (par exemple, barrages, dragage et sédimentation), aux effluents urbains non traités, aux pesticides et aux zones agricoles. Toutes ces menaces sont en expansion dans la région, principalement dans les hautes plaines et les piémonts du bassin versant de l'Apure.