Les analyses de l'estomac de spécimens sauvages ont montré que leur régime alimentaire est principalement insectivore. Il se nourrit de divers insectes aquatiques et/ou terrestres et de leur larves. De petites quantités d'algues, d'autres matières végétales et détritus organiques ont également été trouvés au cours de ces analyses, provenant probablement du contenu des intestins des proies.
En aquarium, le Danio kerri accepte la plupart des aliments secs, mais il est recommandé de compléter régulièrement ce régime avec des proies vivantes et/ou congelées tels que des petits vers de vase, tubifex, daphnies, artémias,...