Cambarellus chapalanus a été évalué comme quasi menacé. Bien qu'elle soit connue dans moins de dix localités, avec une zone d'occurrence d'environ 10000 km2, cette espèce est considérée comme abondante dans toute son aire de répartition et capable de tolérer un habitat perturbé et / ou pollué. Il existe un certain nombre de menaces telles que le captage de l'eau et la pollution, qui sont susceptibles de causer un déclin de la qualité de l'habitat, mais les fluctuations du niveau d'eau font partie du cycle naturel du lac et il n'est pas clair si cette espèce est affectée négativement par prélèvements d'eau naturels et anthropiques. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour déterminer l'état de la population et les impacts des menaces sur cette espèce.
L'essor de l'irrigation depuis les années 1930, la pression démographique, et surtout de longues périodes sèches (décennies des années 1950 et période 1995-2002) ont mis en danger la pérennité de ce lac.
D'autre part, malgré une grande campagne pour l'amélioration du traitement des eaux usées urbaines dans les années 1990, la qualité de ses eaux reste encore menacée par les excédents agricoles et un traitement des eaux urbaines sous-dimensionné.
Lors de la dernière période sèche, l’état accorde des concessions aux agriculteurs, favorisant l'économie locale, mais contraignant la reprise écologique.
Ce lac est le refuge de nombreuses espèces endémiques et plusieurs programmes de conservation de la nature ont été mis en place au début des années 2000. Il fait d'ailleurs partie de l'écorégion des petits lacs dans le classement des Global 200 de la WWF.