Apistogramma geisleri est principalement carnivore et se nourrit surtout d'invertébrés benthiques dans la nature.
En aquarium, des aliments vivants et congelés tels que des Artemias, des Daphnies et des larves de chironomes (vers de sang) doivent être proposés régulièrement. Les spécimens d'élevage acceptent les aliments séchés, mais s'agissant de spécimens sauvages, cela peut prendre du temps pour qu'ils les acceptent.