Les Gastromyzon sont principalement des brouteurs sur rochers, se nourrissant de biofilm bactérien, d’algues et de diatomées, ce que les Germanophones nomment « aufwuchs », et, de manière opportuniste, de larves d'insectes aquatiques.
En aquarium, il convient d'essayer de reproduire au plus près leur alimentation naturelle. On les maintient alors dans un aquarium mature avec une abondance de roches couvertes d’algues. Il peut alors être nécessaire d'avoir un aquarium séparé dans lequel on fait pousser des algues sur des rochers pour les échanger avec ceux de l'aquarium de maintenance. On veillera aussi à faire prospérer la microfaune. La microfaune, désigne l'ensemble des tout petits animaux (inférieurs à 0,2 mm) dont la plus grande partie n'est visible qu'à la loupe, à la loupe binoculaire ou au microscope.
En dépit de sa discrétion, elle joue un rôle fondamental pour la formation et l'évolution des sols et des sédiments, ainsi que pour la décomposition du bois mort et des cadavres animaux. Elle joue ainsi un rôle majeur dans la minéralisation de la matière organique, le cycle du carbone et de nombreux grands cycles biogéochimiques. (Wikipédia) (Collemboles, ostracodes marcheurs,...) Une telle «pépinière» n’a pas besoin d’être très grande, et nécessite seulement un éclairage puissant. Le type algue est également important, les Gastromyzon préférant les diatomées et les petites algues vertes (Oedogonium, Pithopora, Cladophora,...) au algues filamenteuse ou noires (pinceau). On peut parallèlement leur offrir une nourriture composée de comprimé pour poissons de fond riches en spiruline, de légumes et de proies congelées (artemias). Ils mangeront volontiers les restes de paillettes tombées sur le sol de l’aquarium. Il faut éviter une alimentation trop riche en protéines qui ne sera donnée qu’avec parcimonie et occasionnellement.