Dans la nature, les Gastromyzons consomment des invertébrés benthiques (prises accessoires) et des algues. Ils sont actifs pendant la journée et broutent le périphyton aussi bien sur les pierres que sur le décor.
En aquarium, il existe deux méthodes, pouvant être complémentaires, pour nourrir correctement les Gastromyzon.
La première consiste à reproduire au plus près leur alimentation naturelle. On les maintient alors dans un aquarium mature avec une abondance de roches couvertes d’algues. Il peut alors être nécessaire d'avoir un aquarium séparé dans lequel on fait pousser des algues sur des rochers pour les échanger avec ceux de l'aquarium de maintenance. On veillera aussi à faire prospérer la micro-faune. (Collemboles, ostracodes marcheurs,...) Une telle «pépinière» n’a pas besoin d’être très grande, et nécessite seulement un éclairage puissant. Le type d'algue est également important, les Gastromyzons préférant les diatomées et les petites algues vertes (Oedogonium, Pithopora, Cladophora,...) aux algues filamenteuses ou noires (pinceau).
La seconde méthode, consiste à offrir une nourriture composée de comprimé pour poissons de fond riches en spiruline, de légumes et de proies congelées (artemias). Ils mangeront volontiers les restes de paillettes tombées sur le sol de l’aquarium. On évitera de donner de grande quantité de vers de sang, ce qui peut entrainer des problèmes digestifs graves.