Les Gastromyzontidae sont principalement des brouteurs sur rochers, se nourrissant de biofilm bactérien, d’algues et de diatomées, ce que les Germanophones nomment « aufwuchs », et, de manière opportuniste, de larves d'insectes aquatiques.
En aquarium, il convient d'essayer de reproduire au plus prêt leur alimentation naturelle. On les maintient alors dans un aquarium mature avec une abondance de roches couvertes d’algues. Il peut alors être nécessaire d'avoir un aquarium séparé dans lequel on fait pousser des algues sur des rochers pour les échanger avec ceux de l'aquarium de maintenance. On veillera aussi à faire prospérer la microfaune. La microfaune, désigne l'ensemble des tout petits animaux (inférieurs à 0,2 mm) dont la plus grande partie n'est visible qu'à la loupe, à la loupe binoculaire ou au microscope.
En dépit de sa discrétion, elle joue un rôle fondamental pour la formation et l'évolution des sols et des sédiments, ainsi que pour la décomposition du bois mort et des cadavres animaux. Elle joue ainsi un rôle majeur dans la minéralisation de la matière organique, le cycle du carbone et de nombreux grands cycles biogéochimiques. (Wikipédia) (Collemboles, ostracodes marcheurs,...) Une telle «pépinière» n’a pas besoin d’être très grande, et nécessite seulement un éclairage puissant. Le type algue est également important, les Gastromyzontidae préférant les diatomées et les petites algues vertes (Oedogonium, Pithopora, Cladophora,...) au algues filamenteuse ou noires (pinceau). Les cyanobactéries comestibles comme la spiruline ont aussi été retrouvées dans leur estomac (attention, certaines cyanobactéries sont toxiques !).
On peut parallèlement leur offrir une nourriture composée de comprimé pour poissons de fond riches en spiruline, de légumes et de proies congelées (artemias). Ils mangeront volontiers les restes de paillettes tombées sur le sol de l’aquarium. Il faut éviter une alimentation trop riche en protéines qui ne sera donnée qu’avec parcimonie et occasionnellement.
De temps en temps, on peut leur apporter de la nourriture en « gel » à tartiner sur des roches (type Repashy Soilent Green ou similaire), en petite quantité, car cela pollue le bac, mais a l’avantage de mimer leurs sources alimentaires habituelles. De même, en changeant les galets couverts de biofilm, en grattant les vitres partiellement ou les roches restées en place, on favorise une rupture et renouvellement de leurs ressources.
A noter : les individus d'animalerie sont souvent sous-nourris, dans des bacs trop chauffés. Il est parfois difficile de leur apprendre que des comprimés se consomment. Il faut un apprentissage, d'où l'intérêt d'avoir un petit groupe où les anciens sont imités par les nouveaux. On peut aussi frotter un petit coin de vitre, là où l'animal va de préférence, avec un comprimé pour herbivores et laisser ce comprimé collé au-dessus du gastromyzon, doucement pour ne pas l'effrayer. Les petits morceaux qui vont tomber peuvent l'inciter à aller voir.
Lorsque leur alimentation est correcte, ils ont le dos qui s'arrondit.